In Duck Duck maken we kennis met Ben, een uitbundige gans die liever zijn uitsloverige kunstjes in de lucht vertoont dan dat hij zich druk maakt om anderen en de jaarlijkse vogelmigratie. Maar dan worden de kleine eendjes Mo en Vie per ongeluk door Ben gescheiden van hun vlucht. Machteloos vragen de eendjes Ben om hulp, maar die zit niet op zulke kleine lastpakken te wachten. Ben moet echter zijn plannen bijstellen als hij per ongeluk zijn vleugel verwondt, en zelf ook niet meer meekan met de vlucht. Er zit niets anders op dan samen op pad te gaan.
Tijdens hun tocht staan Ben en de eendjes voor de ene na de andere obstakel en ontmoeten ze ook een hoop nieuwe vrienden. Wanneer de sluwe kat Banzou in de gaten krijgt dat de gewonde gans en kleine eendjes compleet weerloos zijn, opent hij de jacht op die lekkere hapjes. Tijdens hun reis komen Ben, Mo en Vie erachter dat ze elkaar meer nodig hebben dan gedacht en zien ze in hoe belangrijk familie is!